一个独立思考的人是否有信仰？信仰者是不是缺乏独立思考和自由选择的意识呢？基督信仰会妨碍一个人的独立思考吗？“从圣经的角度来讲，信仰就是深知所信的是谁，而迷信则是不知所信的是谁。”有人这样回答。
曾有主内网站OC爱问网解答了关于基督信仰与独立思考的问题。“敬畏耶和华，是智慧的开端。认识至圣者，便是聪明。”（箴9:10）这句经文说明信仰（敬畏耶和华）和独立思考（智慧、聪明）并不冲突。河南某教会牧师梁志勇牧师曾说，神不要我们做傻瓜，理性也是神所赐的，是要我们正确使用的。
爱问网回答说，首先圣经一贯是反对信徒迷信的，而是鼓励基督徒要对自己信仰有清楚的认识。“信仰承认理性的有限性，但是不排斥理性。信仰有别于迷信，信仰产生于人的理性思考到不可思考的地方，迷信却产生于人的理性未加思考的地方”文章说。
其次，没有立场、没有价值根基的独立思考是不可能的，却只能成为各种理论的奴隶，使各种声音在自己的内心互相冲突打架。而基督信仰给了热一个整全的世界观，帮助基督徒独立思考，批判各种思潮。正如切斯特顿所说：“当人们不再相信上帝时，他们不是什么都不信，而是什么都信。”
最后，人都是是败坏的，所以基督徒需要谨防迷信人、迷信权威（包括牧师的布道、政权宣传、教授的授课、哲学理论等），这也必然迫使基督徒去反思和独立思考。
